Title:
Epigenomic and transcriptomic changes in glioblastoma multiform cancer stem cells of U-87 cell line / by Elham Mansour Abusharieh ; supervised by Prof. Dr. Yasser Khalil Bustanji, Prof. Dr. Abdallah Saleh Awidi. "التغيرات التخلقية المتوالية و مجموعة كل جزيئات الحمض النووي الرايبوسي RNA للخلايا الجذعية للورم الأرومي الدبقي المتعدد الأشكال في خلايا الU87"
"التغيرات التخلقية المتوالية و مجموعة كل جزيئات الحمض النووي الرايبوسي RNA للخلايا الجذعية للورم الأرومي الدبقي المتعدد الأشكال في خلايا الU87" "التغيرات التخلقية المتوالية و مجموعة كل جزيئات الحمض النووي الرايبوسي RNA للخلايا الجذعية للورم الأرومي الدبقي المتعدد الأشكال في خلايا الU87"
Author:
abu-Sharieh, Elham Mansour, author.
Bustanji, Yasser Khalil, supervisor.
Awidi, Abdallah Saleh, co-supervisor.
The University of Jordan. School of Pharmacy.
Department of Pharmaceutics and Pharmaceutical Technology.
General Notes:
Thesis (Ph. D. in Pharmaceutical Science)--The University of Jordan (Amman, Jordan), School of Pharmacy, Department of Pharmaceutics and Pharmaceutical Technology, 2022.
Includes bibliographical references and index.
Introduction: Glioblastoma multiforme (GBM) is the most common and malignant adult primary brain tumor, characterized by invasive growth, strong resistance to treatment, and frequently associated with epigenetics-related gene dysregulation. The CD133+ve glioblastoma cancer stem cells are considered as the reason for treatment failure, relapse and is considered a main barrier against curing cancer, so appropriate biomarkers; diagnostic, prognostic, and therapeutics are necessary to improve glioblastoma cancer treatment for the future, overcome therapy resistance and relapse.
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are involved in the regulation of numerous biological processes and have been implicated in the pathogenesis of many human diseases such as cancer. They are often differentially expressed and had been linked to tumorigenesis, metastasis, cancer stage progression and therapy resistance. Uncovering differentially expressed lncRNAs in glioblastoma cancer stem cells and relate them to their related pathways and genes may reveal a novel therapeutic target.
Methods: CD133+ve glioblastoma cancer stem cells are sorted and confirmed for their invitro stemness properties and capabilities such as drug resistance, self-renewal, and migration ability.
Homo sapiens whole transcriptome sequencing is performed to examine the gene expression profiles, and Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads (FPKM) were used for further gene expression analysis and comparing.
Differentially expressed genes (DEGs) and deferentially expressed lncRNAs (DELs) were compared for the CD133+ve glioblastoma cancer stem cells through Gene Regulatory Networks (GRN) mapping.
Results: Depending on the Gene Regulatory Networks (GRN) mapping of the differentially expressed genes (DEGs), many of the cancer stem cell related signaling pathways and extracellular factor are aberrantly expressed in the CD133+ve glioma cancer stem cells compared to the U87 cell line.
We found that 126 lncRNAs were differentially expressed (DELs) between the CD133+ve sorted cancer stem cells and the U87 cell line, 37 lncRNAs were significantly upregulated while 55 lncRNAs were significantly downregulated, both were related the main cancer stem cells capability and properties including drug resistance, migration and EMT behavior, self-renewal and stemness properties, growth progression, cancer development and initiation, poor prognosis.
One of these upregulated lncRNAs is the LOXL1-AS1, which we found that is related and involved in most of the main cancer stem cells capability and properties that we confirmed through different invitro experiments in this presented thesis.
Conclusion: In this thesis we demonstrated the pivotal roles of epigenetic modulation of lncRNAs and the differentially expressed genes (DEGs) of the cancer stem cell related signaling pathways in the tumorigenesis, proliferation, aggression, metastasis, and drug resistance of CD133+ve glioma cancer stem cells.
One of these differentially expressed lncRNAs (DELs) that could be identified and used as drug targets to overcome drug resistant and glioblastoma relapse is the lncRNA LOXL1-AS1.
مقدمة: الورم الأرومي الدبقي متعدد الأشكال (GBM) هو أكثر أورام الدماغ الأولية الخبيثة شيوعًا لدى البالغين ، ويتميز بالنمو الغازي ، ومقاومة قوية للعلاج ، وغالبًا ما يرتبط بخلل في التنظيم الجيني المرتبط بالفوق جينية. تعتبر الخلايا الجذعية السرطانية للورم الأرومي الدبقيالتي تظهرعلامة سطح CD133 سببًا لفشل العلاج ، والانتكاس ، وتعتبر عائقًا رئيسيًا ضد علاج السرطان ، لذا تعتبر المؤشرات الحيوية المناسبة ؛ للتشخيص والعلاج ضروريان لتحسين علاج سرطان الورم الأرومي الدبقي في المستقبل ، والتغلب على مقاومة العلاج والانتكاس.
تشارك RNAs الطويلة غير المشفرة (lncRNAs) في تنظيم العديد من العمليات البيولوجية وقد تورطت في التسبب في العديد من الأمراض البشرية مثل السرطان ، وغالبًا ما يتم التعبير عنها بشكل تفاضلي وتم ربطها بتكوين الأورام ، والورم الخبيث ، وتطور مرحلة السرطان و مقاومة العلاج. قد يكشف الكشف عن lncRNAs المعبر عنها تفاضليًا في الخلايا الجذعية لسرطان الورم الأرومي الدبقي وربطها بالمسارات والجينات ذات الصلة عن هدف علاجي جديد.
الطريقة: تم فرز الخلايا الجذعية السرطانية للورم الأرومي الدبقي CD133 + وتأكيد خصائصها وقدراتها الجذعية مثل مقاومة الأدوية والتجديد الذاتي والقدرة على الهجرة.
تم إجراء تسلسل كامل للنسخة Homo sapiens لفحص ملفات تعريف التعبير الجيني ، واستخدمت قراءات FPKM لمزيد من تحليل ومقارنة التعبير الجيني.
تمت مقارنة الجينات المعبر عنها تفاضليًا (DEGs) و lncRNAs المعبر عنها بشكل تفضيلي (DELs) للخلايا الجذعية السرطانية للورم الأرومي الدبقي CD133 + من خلال رسم خرائط شبكات تنظيم الجينات (GRN)
النتائج: اعتمادًا على خرائط شبكات تنظيم الجينات (GRN) للجينات المعبر عنها تفاضليًا (DEGs) ، يتم التعبير عن العديد من مسارات الإشارات والعوامل خارج الخلية المرتبطة بالخلايا الجذعية السرطانية بشكل شاذ في الخلايا الجذعية السرطانية للورم الدبقي CD133 + مقارنةً بخلايا الU87
وجدنا أيضًا أنه تم التعبير عن 126 lncRNAs بشكل تفاضلي (DELs) بين الخلايا الجذعية السرطانية المصنفة CD133 + و خلايا U87 ، حيث وجد 37 lncRNAs محفز بشكل كبير بينما 55 lncRNAs مثبط بشكل كبير ، وكلاهما مرتبطان بقدرة الخلايا الجذعية السرطانية الرئيسية و الخصائص بما في ذلك مقاومة الأدوية ، والهجرة وسلوك EMT ، وخصائص التجديد الذاتي والجذعية ، وتطور النمو ، وتطور السرطان والبدء به ، وسوء التشخيص.
واحدة من هذه lncRNAs المنتظمة هي LOXL1-AS1 ، والتي وجدنا أنها مرتبطة وتشارك في معظم قدرة وخصائص الخلايا الجذعية السرطانية الرئيسية التي أكدناها من خلال تجارب مختلفة في هذه الأطروحة المقدمة.
الخلاصة: أظهرنا في هذه الأطروحة الأدوار المحورية للتحوير اللاجيني للـ lncRNAs والجينات المعبر عنها تفاضليًا (DEGs) لمسارات الإشارات المرتبطة بالخلايا الجذعية السرطانية في تكوين الأورام ، والانتشار ، والعدوان ، والنقائل ، ومقاومة الأدوية للخلايا الجذعية السرطانية للورم CD133 +.
واحدة من هذه lncRNAs المعبر عنها تفاضليًا (DELs) والتي يمكن تحديدها واستخدامها كأهداف للأدوية للتغلب على مقاومة الأدوية وانتكاس الورم الأرومي الدبقي هو lncRNA LOXL1-AS1.
The electronic version is available in theses database \\ University of Jordan.
Includes abstracts in Arabic and English.
Subject:
Pharmacology
Glioblastoma multiforme.
Cancer
Dissertation Note:
Thesis (Ph. D. in Pharmaceutical Science)--The University of Jordan (Amman, Jordan), School of Pharmacy, Department of Pharmaceutics and Pharmaceutical Technology, 2022.
Physical Description:
1CD-ROM : PDF.
Publication Date:
2022.
Log in
Help
